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눈에 보이는 생식기사마귀 치료의 일차 목표는 사마귀의 제거이다.
- 치료없이 둔다면 눈에 보이는 생식기사마귀가 없어질 수 있지만, 변화 없이 남아있거나 크기와 수가 커질 수 있다. 생식기사마귀의 치료가 HPV를 감소시키지만 HPV의 박멸을 보장하지는 않는다. 치료에 의한 HPV viral DNA의 감소가 향후 전염에 영향을 주는지는 불명확하다. 생식기사마귀의 존재나 치료가 자궁경부암의 발달과 관련이 있다는 증거는 없다.