고환은 엄마 뱃속에 있을 때 콩팥 주변에서 발생한 후 복강내에 있다가 샅굴을 통해 아래쪽으로 이동하여 임신 7~9개월 사이에 음낭 내로 내려오게 됩니다. 잠복고환은 이러한 정상적인 고환의 하강 과정에 문제가 있는 경우 발생합니다. 유전적 이상이나 남성호르몬의 이상이 있을 경우 잠복고환을 유발할 수 있으나 대개의 경우 뚜렷한 원인을 알 수 없습니다. 고환의 하강에 문제가 있는 경우 말고 고환이 선천적으로 형성이 안 되거나 심하게 위축된 경우도 고환이 만져지지 않으므로 잠복고환으로 진단될 수 있습니다.