여러 임상적 상황이 혈뇨를 일으킬 수 있다. 무엇보다 중요한 것은 혈뇨를 일으킬 수 있는 종양의 존재를 배제하는 것이지만, 혈뇨의 대부분의 원인은 결국 미제로 남거나(50%) 양성질환에 의한 것으로 밝혀진다(30%).
혈뇨의 발현 양상을 포함한 자세한 병력과 철저한 신체검사는 감별진단에 필수적이다. 임상 증상 및 징후에 따라 혈뇨의 원인을 추정할 수 있으며, 편의상 동반 증상 여부에 따라 분류하거나 소아에서 발생하는 경우로 나누어 분류할 수 있다.